De naam gastroscopie is afgeleid van het Grieks en betekent in vertaling ‘kijken in de maag’.Het onderzoek wordt uitgevoerd met een gastroscoop, zijnde een pinkdikke, soepele en stuurbare ‘kijkbuis’ met een videocamera aan het uiteinde. Het toestel wordt via de mond ingebracht nadat de keel minder gevoelig werd gemaakt met een verdovende spray.Om het onderzoek vlot te laten gebeuren kan desgewenst een rustgevend middel worden toegediend via eeninfuusnaaldje in de arm.Vooraf dient minstens 6 uren te worden gevast.
Tijdens het onderzoek ligt de patiënt op de linker zijde.Om alles zichtbaar te maken wordt via het toestel lucht ingeblazen, hetgeen aanleiding kan geven tot onvermijdbaar opboeren.Zo nodig kunnen weefselstukjes worden afgenomen voor microscopisch onderzoek.Een standaardprocedure neemt gemiddeld 5 minuten in beslag.